Онежское озеро – один из крупнейших водоемов нашей страны. Озеро дренирует значительную территорию различную по геологическому строению, рельефу, орографии и гидрографии. В естественном состоянии озеро принимало сток с водосборного бассейна площадью 53100 км2. Площадь самого водоема составляла 9720 км2. После строительства в 1953 г. на р. Свири Верхне-Свирской ГЭС озеро стало водохранилищем, и его водосборная площадь увеличилась до 57300 км2, а площадь водохранилища (включая Ивинский разлив) – до 9840 км2 (Государственный водный кадастр. Т. 1. РСФСР. Вып. 5. Бассейны рек Балтийского моря, Онежского и Ладожского озер. Л., 1986).

Около 70% территории бассейна относится к Республике Карелия, остальная часть расположена в Ленинградской, Вологодской и Архангельской областях. Характерными особенностями водной сети бассейна являются: преобладание малых по площади и длине рек, ступенчатость их продольных профилей, большие общие и удельные падения рек, высокая порожистость русел и озерность водосборов. Гидрографическую сеть бассейна Онежского озера образуют 6765 рек общей длиной 22741 км и 9516 озер общей площадью 13441 км2. Максимальное количество водотоков (95%) составляют малые, длиной менее 10 км, и лишь 8 рек имеют протяженность более 100 км. Коэффициент густоты речной сети равен 0,44, причем его значение в северной части значительно выше, чем в южной. Притоками Онежского озера являются 1152 реки, из которых лишь 52 имеют длину более 10 км.
Более половины бассейна занято водосборами трех главных его притоков: рек Шуи (площадь водосбора 10,1 тыс. км2), Суны (7,7 тыс. км2), Водлы (13,7 тыс. км2). Вытекает из озера лишь одна река – Свирь – крупнейший приток Ладожского озера.


Большую часть водоемов (9144 или 96%) составляют озера площадью менее 1 км2, однако в сумме их площадь не превышает 5% (671,7 км2). К наиболее крупным относятся Водлозеро (322 км2), Сямозеро (266), Сандал (185), Палье (109), Лижмозеро (84,8 км2). Озерность рек в северной части водосбора Онежского озера изменяется от 3 до 18, а в южной – от 1 до 3%; заболоченность – 5 - 20%, а в бассейне Водлы она достигает 24%. Гидрологическая изученность бассейна Онежского озера – одна из наиболее высоких на Европейском Севере. Сток в озеро фактическими измерениями контролируется на площади около 40,6 тыс. км2 (72% территории). Значения среднемноголетнего годового стока по водосбору Онежского озера изменяются от 8 л/сек с км2 в северо-западной до 14 в восточной части бассейна, хотя в отдельных речных бассейнах с аномальным режимом наблюдаются модули до 15 – 16 л/сек с км2. Пространственная изменчивость годового стока определяется неоднородностью геоморфологического строения бассейна, гидрогеологических условий, различиями в растительном покрове и неравномерностью выпадения осадков по территории. В последние годы усиливается влияние антропогенного фактора на ландшафтные характеристики бассейна, что может отразиться на количественных показателях стока. Основные реки бассейна – Водла, Шуя, Суна, Андома. Сток этих рек составляет около 60% от общего притока в озеро. Суммарный среднемноголетний годовой сток в Онежское озеро равен 17,8 км3. По характеру распределения стока внутри года реки бассейна относятся к восточно - европейскому типу, с высоким половодьем весной, низкими летней и зимней меженями и повышенным стоком осенью. С учетом величины озерности внутригодовое распределение стока можно принять следующим: весна – 42 – 55%, лето-осень – 37 – 43 и зима – 8 – 25%.